หลังจากสิ้นสุดความเป็นวิทยาเขตส่วนกลาง คณาจารย์ นิสิต และศิษย์เก่าที่ร่วมกันคัดค้านการยุบรวมมาแต่ต้น ทำหนังสือถึงทบวงมหาวิทยาลัย ขอให้ทบทวนมติคณะรัฐมนตรีเกี่ยวกับการยุบรวมวิทยาเขตของมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ และคณะรัฐมนตรีมีมติในวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2536 ว่า "การจัดตั้งหรือการยุบรวมวิทยาเขต เป็นดุลพินิจของสภามหาวิทยาลัยแต่ละแห่ง จึงสมควรให้สภามหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒพิจารณาปัญหาดังกล่าว พร้อมทั้งผลกระทบและเสนอทางแก้ปัญหาอันเกิดจากผลกระทบนั้น ๆ อีกครั้งหนึ่ง

ในชั้นนี้คณะรัฐมนตรียังไม่รับพิจารณาปัญหานี้ แต่เพื่อป้องกันความเดือดร้อนแก่ประชาชน จึงขอให้ทบวงมหาวิทยาลัยประสานงานกับมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ในการแก้ปัญหาการรับนักเรียนโรงเรียนสาธิต และนักศึกษาของวิทยาเขตทั้งสองแห่งในปีนี้มิให้เป็นปัญหาเดือดร้อน พร้อมทั้งให้พิจารณาการใช้สถานที่ตั้งวิทยาเขตเดิมเพื่อประโยชน์ในการเรียนการสอนตามปกติต่อไปด้วย" ในที่สุดมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒพิจารณาให้ใช้พื้นที่ของวิทยาเขตบางเขนเดิมจัดการเรียนการสอนต่อไปได้ โดยให้เริ่มรับนิสิตใหม่ได้ตั้งแต่ปีการศึกษา 2537 เป็นต้นไปหลังจากหยุดรับนิสิตในปีการศึกษา 2535 และ 2536

ปีการศึกษา 2537 มศว บางเขน( เดิม ) เปิดรับนิสิตชั้นปีที่ 1 หลักสูตรการศึกษาบัณฑิต (กศ.บ.) 6 วิชาเอก คือวิชาเอกสังคมศึกษา ภาษาไทย เทคโนโลยีทางการศึกษา วิทยาศาสตร์-เคมี วิทยาศาสตร์-ชีววิทยา และวิทยาศาสตร์-คณิตศาสตร์ รวมจำนวนนิสิตทั้งสิ้น 150 คน บริหารงานโดยคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน ในรูปของคณะกรรมการบริหารคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน ดังนี้

1. รองคณบดีคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน

2. ผู้ช่วยคณบดีฝ่ายต่าง ๆ

3. ประธานอาคารมนุษยศาสตร์ วิทยาศาสตร์ ศึกษาศาสตร์ และสังคมศาสตร์

4. รองผู้อำนวยการหอสมุด

ทั้งนี้มหาวิทยาลัยมอบหมายให้ ผู้ช่วยศาสตราจารย์ชัยโรจน์ ชัยอินคำ ผู้ช่วยอธิการบดี ทำหน้าที่ประสานงานระหว่างคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน กับ มหาวิทยาลัย

ปีการศึกษา 2538 เปิดรับนิสิตเพิ่มขึ้นอีก 3 วิชาเอก ได้แก่ วิทยาศาสตร์-ฟิสิกส์ คหกรรมศาสตร์ และ ธุรกิจศึกษา จึงมีวิชาเอกที่เปิดสอนทั้งหมด 9 วิชาเอก ในปีการศึกษานี้

ผู้บริหารคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน

รองคณบดีคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน เป็นผู้บริหารสูงสุดซึ่งมีเพียง 2 ท่าน คือ

1. อาจารย์อนุสรณ์ อรรถศิริ

2. รองศาสตราจารย์สมพล มงคลพิทักษ์สุข

คณะศึกษาศาสตร์ บางเขน ดำเนินได้เพียง 3 ปี ก็เกิดกรณีพิพาทกับสถาบันราชภัฏพระนครที่ต้องการให้คณะศึกษาศาสตร์ย้ายออกไป กรณีพิพาทคลี่คลายลงด้วยมติคณะรัฐมนตรีลงวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2540 ซึ่งสรุปความได้ว่า คณะศึกษาศาสตร์ บางเขน ต้องย้ายไปจัดการเรียนการสอนที่ใหม่ โดยได้รับการสนับสนุนงบประมาณในการก่อสร้างจากสำนักงบประมาณ และงดรับนิสิตใหม่ตั้งแต่ปีการศึกษา 2541 เป็นต้นไป นิสิตคณะศึกษาศาสตร์ บางเขน จึงมีเพียง 4 รุ่นเท่านั้น รุ่นสุดท้ายสำเร็จการศึกษาในปี พ.ศ. 2544